Однако после смерти Кювье отвергнутая им идея единства всего животного мира вскоре восторжествовала благодаря развитию более тонких методов исследования, в свою очередь связанному с появлением более усовершенствованных микроскопов.
В 1839 году Т. Шванн установил клеточное строение животных и растений — одно из трёх величайших открытий естествознания XIX века, показавшее действительное единство в строении всех живых организмов. В 1841 году Зибольд выделил в системе животного мира группу простейших, охарактеризовав их как одноклеточные животные организмы.
Наконец, классическая работа К. Бэра (будущего петербургского академика) «История развития животных», вышедшая ещё в 1828 году, положила начало современной эмбриологии, которая достигла своего расцвета уже после появления теории Дарвина главным образом в работах русских учёных А. О. Ковалевского и И. И. Мечникова. На основе этих работ, а также исследований Фрица Мюллера Эрнст Геккель сформулировал свой знаменитый основной биогенетический закон. Из этого закона следует, что сходство зародышей у представителей различных классов и различных типов свидетельствует об общем происхождении этих животных.
Сближению сильно разошедшихся между собой групп помогает и палеонтологический метод — изучение ископаемых остатков вымерших видов животных. Ярким примером такого исчезнувшего ныне промежуточного звена между резко обособленными классами служат юрские первоптицы, открытые во второй половине прошлого столетия, а ныне известные каждому советскому школьнику.
При разработке естественной классификации животных естествоиспытателям пришлось отойти от чисто индуктивного метода и не ограничиваться рамками только формальной логики. «...Диалектика становится абсолютной необходимостью для естествознания, покинувшего ту область, где достаточны были неподвижные категории, представляющие собой как бы низшую математику логики, её применение в условиях домашнего обихода».
И Энгельс приводит ряд примеров из области зоологии, которые не укладываются в окостенелые схемы классификации и противоречат общепринятым определениям таких понятий, как «позвоночное», «рыба», «птица» и так далее. Он указывает на ланцетника как на позвоночное без позвонков, на рыб с лёгочным дыханием, на мезозойских птиц, которые обладали зубами.
За комаром с топором, за мухой с обухом.
Не первую зиму волку зимовать.
Чья бы корова мычала, а твоя бы молчала.